Kraft-Wärme-Kopplung wird häufig mit Erdgas betrieben, kann aber auch andere Energieträger nutzen. Dazu zählt beispielsweise Biogas. Ob der Einsatz eines Brennstoffs zur Verringerung der Treibhausgasemissionen beiträgt, hängt von seiner Herkunft, Herstellung und Nutzung ab.
KWK ist deshalb nicht grundsätzlich als erneuerbar oder emissionsarm einzustufen. Ein erdgasbetriebenes Blockheizkraftwerk kann den eingesetzten Brennstoff zwar effizient nutzen, verursacht bei der Verbrennung aber weiterhin CO₂. Gegenüber einer Wärmeversorgung mit erneuerbaren Energien und einer Stromerzeugung aus Windkraft oder Photovoltaik kann die Treibhausgasbilanz daher auch ungünstiger ausfallen.
In modernen Wärmesystemen lassen sich KWK-Anlagen mit anderen Technologien kombinieren. Dazu gehören beispielsweise Solarthermie, Großwärmepumpen und Wärmespeicher. Solche Kombinationen können helfen, unterschiedliche Wärmequellen bedarfsgerecht einzusetzen.
Für die Energiewende stellt sich zunehmend die Frage, wann KWK-Anlagen sinnvoll eingesetzt werden können und welche Rolle sie langfristig übernehmen. Mit dem Ausbau erneuerbarer Energien und der Elektrifizierung der Wärmeversorgung verändern sich auch die Anforderungen an ihren Betrieb.
Flexible KWK-Anlagen können beispielsweise in bestimmten Versorgungssystemen Strom bereitstellen, wenn wenig Wind- und Solarstrom erzeugt wird. Voraussetzung ist, dass ihre technische Auslegung und die Wärmeversorgung einen solchen Betrieb ermöglichen. Langfristig kommt es dabei auch darauf an, fossile Brennstoffe durch Energiequellen mit geringeren Treibhausgasemissionen zu ersetzen.